La première mention de Hipsheim apparaît dans les archives de l'abbaye de Murbach en 728 sous le nom Hyppeneshaim, c'est le comte du Nordgau Eberhardt qui en fait don à l'abbaye. Il s'agit alors d'une ancienne exploitation agricole pour l'élevage des chevaux de la Villa Regia des Rois Francs d'Erstein. Au temps de l'apogée des comtes de Werde au XIIe siècle, Hipsheim faisait partie des possessions du landgraviat de Basse Alsace. En 1233 Elisabeth de Monfort reçoit de son époux, le comte Henri de Werde le village en dot. Puis Hipsheim se partage à partir du XIVe siècle à trois seigneurs descendants des Rheingrafen: une part aux Kageneck en 1399, une part aux Bapst de Bolsenheim et le dernier tiers passe à la famille de Landsberg en 1651. Lors de la guerre de Trente Ans les Suédois occupent le village et incendient l'église commune aux villages, d'Hipsheim, de Limersheim et d'Ichtratzheim, seul le clocher fut sauvé, elle a été reconstruite en 1723. À côté de l'église Saint Ludan se trouve une belle maison à colombages qui était un relais de poste jusqu'à la fin du XIXe siècle, elle accueille aujourd'hui un institut médico-éducatif. La chapelle Saint-Wendelin au centre du village, a été élevée en 1724.